農業是海峽兩岸交流合作的先行產業和重點行業。經批準，1997年7月，福州、漳州成為首批海峽兩岸農業合作試驗區。2005年7月，試驗區范圍擴大到福建全省。截至2009年3月底，福建全省批辦農業臺資項目2106個，農業利用臺資總額在大陸各省區市中位居第一。業內人士認為，允許臺灣農民個體工商戶以自然人的身份在福建省內加入農民專業合作社，將有利于加強閩臺農業合作，加快福建省農民專業合作社的發展。
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