義民廟原建于新竹縣新埔鎮枋寮，時在乾隆五十三年（1788年），本為祭祀（林爽文之役）死難義士之專祠，故正式名稱為褒忠祠。因合祀三王護國王、觀音佛祖、福德正神等神明，故以廟稱之。
乾隆四十八年（1783年）有福建漳洲人嚴煙者，來臺密組天地會。實有林爽文者，居于彰化縣大里杙莊，時有家破人亡之虞，為圖憑借群眾力量自衛，而加入天地會。爽文遂為眾所擁，糾眾攻擊官署，聲勢浩大。
福建總督長青聞悉，急調水陸軍至泉州，以居中策應。
當時粵籍居民，以時局靡定，已紛組民兵，以衛地方，而維安寧。清軍既至，知可利用；遂飾民兵助戰，三路攻打林爽文。計時寒暑三易，始告平定，林爽文被捕處死。淡水鎮內紳耆老林先坤、劉朝珍、陳資聘、陳姿云、戴元玖等，目睹各役戰場，乃撿其遺骸，擬運葬中壢。詎運載之牛車抵枋寮，因歷時若干日，乃稍停休歇；迨至薄暮，擬重啟程，牛不前行，鞭之無效，乃向骸禱卜，云可落葬，遂同埋于枋寮。二年后復由林先坤、劉朝珍募集二千金，鳩建祠宇于墓前，以祀陣亡之靈。
乾隆帝初封義勇，追封懷中，三賜御筆褒忠。故廟名褒忠祠，總理宋廷龍等在今義民里再建一廟亭，初稱義民亭。咸豐七年，始由總理宋寶云策動，增建前堂及兩廊，并勒石為碑。
1949年8月，十三莊人士見祠宇腐將圯，不忍前人之功傾于一旦，乃重建，歷時二年，方告完成。
1972年，正殿屋頂以蛀爛不堪，復由中壢、平鎮、楊梅等三十九村里人士捐款重修至1973年竣工。
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