事件追蹤：
5月20日，陳水扁卸任，臺當局“檢察總長”陳聰明表示，臺當局“最高檢察署特偵組”會就陳所涉及的“公務機要費案”分案，未來將以“被告”身分傳訊他。
陳水扁今卸任即被列為“被告” 近期可能遭傳訊
陳水扁家人陸續遭境管 臺檢方稱一切“依法”行事
8月8日，有關陳水扁所涉及的“機要費案”，臺“最高檢察署”特偵組在中午將傳票送到陳水扁辦公室。
臺媒：“機要費案”機密注銷 臺檢方向扁送出傳票
8月12日，臺灣“最高檢察署特偵組”偵辦陳水扁涉及的“公務機要費案”，以貪瀆被告身份約談陳水扁。下午2點20分，陳水扁在3名律師的陪同下，搭車前往“特偵組”接受偵訊。
陳水扁下午以“機要費案”被告身份接受檢方偵訊
8月14日，陳水扁今天下午召開記者會，承認確實曾將過去選舉的競選經費剩余款交給吳淑珍處理，由吳淑珍匯到島外銀行希望做為退休之后使用。但對于吳淑珍將資金匯到哪里，有多少錢，陳水扁都沒有透露。
陳水扁召開記者會 承認其妻將選舉剩余款匯往島外
陳水扁14日坦承將競選剩余款2000萬美元匯往島外賬戶，引發島內外嘩然；陳水扁15日通過辦公室發出聲明稿，自即日起與妻子吳淑珍退出民進黨。
陳水扁發表聲明宣布與妻子吳淑珍退出民進黨
8月18日，臺當局特偵組調查陳水扁家族疑似洗錢案，經過初步調查已將陳致中、黃睿靚和陳水扁及妻子吳淑珍還有吳景茂（吳淑珍兄長）五人共同列為被告，并約談吳景茂等人到案說明。
疑似洗錢 陳水扁家族五人同列被告
8月22日，臺檢方為了追查資金流向，下午前往陳水扁寶徠花園廣場住處，對吳淑珍進行偵訊并完成筆錄。不過，吳淑珍自己推翻先前訪談時的說法，改口和陳水扁口徑一致，指稱匯往島外的資金是選舉剩余款。
8月25日，陳水扁之子陳致中夫婦接受偵訊，臺灣各地的海巡機關也接到臺檢方的傳真公文和告知電話，表示陳致中夫婦已被限制出境，至此陳水扁家族共有7人列入海巡限制出境名單。包括從臺開公司內線交易案的陳水扁女婿趙建銘和陳水扁親家趙玉柱，到因為“公務機要費案”被限制出境的陳水扁妻子吳淑珍，以及涉入洗錢案的陳水扁、陳水扁妻舅吳景茂和陳致中夫婦。
陳水扁家族7人被限制出境 防偷渡專刊成扁家名冊
原陳水扁當局情報部門主管葉盛茂，因為涉嫌隱匿陳水扁涉嫌洗錢公文，被臺檢方調查。臺檢方日前在葉盛茂的家中，找到瑞士方面致函臺當局的文件，8月28日，臺檢方將葉盛茂起訴，并且具體求刑2年半。
涉藏匿陳水扁洗錢公文 臺前情報頭子被求刑兩年半
9月3日，臺檢方特偵組就“公務機要費案”再度傳喚陳水扁到案說明。
臺檢方特偵組再就“公務機要費案”傳訊陳水扁
10月8日，臺前“調查局長”葉盛茂被控隱匿陳水扁家族洗錢公文案，臺北地方法院以證人身份傳喚陳水扁，厘清與葉盛茂有關情資公文交付方式及有無共涉圖利、偽造文書等罪。
隱匿洗錢公文案今再審 陳水扁葉盛茂對質成焦點
10月21日，臺北地檢署偵辦陳水扁任內南港展覽館弊案，提訊在押的前臺“內政部長”余政憲。陳水扁夫人吳淑珍也因此案被檢方列為被告。
檢方偵辦陳水扁任內工程弊案 將吳淑珍列為被告
11月12日，臺北地方法院早晨7點零6分確定對陳水扁收押禁見。11月13日 陳水扁通過律師提出十點理由宣布“禁食”。
陳水扁今晨7點零6分被臺北法院確定收押禁見
陳水扁被裁定羈押禁見 8點23分抵達臺北看守所
臺灣“高等法院”審理臺開股票內線交易案，今天上午更審一審宣判，陳水扁女婿趙建銘維持二審宣判的7年刑期，趙玉柱則是改判9年。
臺開股票內線交易案更審宣判 陳水扁女婿被判7年
11月13日，臺灣檢方特偵組偵辦陳水扁家庭海外洗錢疑案及“公務機要費案”，并到臺北市寶徠花園廣場就訊陳水扁夫人吳淑珍。這是自臺北地檢署偵辦SOGO案以來，吳淑珍第五度接受檢方訊問。
臺灣檢方兩年多來五度偵訊陳水扁妻子吳淑珍
11月16日 陳水扁持續禁食五天，被看守所戒護至醫院強制送醫。
陳水扁禁食送醫 院方稱扁目前狀況穩定
11月24日 就陳水扁家庭涉入的“龍潭購地弊案”，扮演中間人角色的前“中信金控”副董事長辜仲諒從日本返臺接受訊問。經長達12小時訊問后，臺特偵組諭令辜仲諒以新臺幣1億元交保。
11月26日，禁食15天的陳水扁，首度開始喝米水。
陳水扁絕食15天首度喝米水 看守所關注其身體狀況
11月28日 臺灣元大證券董事杜麗萍供稱，在“紅衫軍”街頭抗爭期間，吳淑珍通過哥哥吳景茂，將7.4億元新臺幣數個皮箱從國泰世華銀行提出，委請她保管。
杜麗萍坦承護送7.4億 勾起扁家“神秘金庫”回憶
12月4日，臺當局前“調查局長”葉盛茂泄密等案，臺北地方法院上午11時一審宣判，葉盛茂因涉嫌圖利、泄密以及隱匿公文，判刑10年，且繼續羈押不得交保。臺北法院在判決書并指出，陳水扁家人一連串處理海外資金的作為，“認定系洗錢作為”，其中部分為貪污“機要費”所得。
葉盛茂涉圖利扁家等四罪 一審重判10年繼續羈押
臺北地方法院判決書指扁家人洗的錢部分為貪污所得
12月12日 針對陳水扁及其家庭所涉機要費案、洗錢案、南港展覽館工程案以及龍潭購地案，臺檢方偵辦終結，對陳水扁、吳淑珍等14名被告提起公訴。起訴書未對陳水扁家人具體求刑，但請求法院對陳水扁“依最嚴厲之刑量刑”；并認為吳淑珍惡行重大，要求“從重量刑”。
臺媒：陳水扁家弊案最快今天偵結 共起訴14名被告
臺檢方特偵組起訴陳水扁后移審法院。臺北地方法院審理后，認為陳水扁偵查中均到庭，且身為卸任“元首”，應無逃亡之虞，予以當庭釋放，并限制出境、出海、住居。臺檢方為了陳水扁弊案后續的偵辦，特偵組16日正式提出抗告，臺灣“高等法院”12月17日撤銷原裁定發回地院由周占春審判長組成的合議庭重新裁定。臺北地方法院18日審理后，仍裁定陳水扁無保釋放。
檢方盼"高院"直接裁定羈押扁 結果最快下午出爐
特偵組向臺"高院"抗告成功 押不押扁地院今裁定
陳水扁無保釋放 特偵組：再研究是否提抗告
