原名火山廟，位于臺南縣白河鎮仙草里關仔嶺火山的半山腰，背倚秀麗的枕頭山，古雅堂皇，加之附近又有大仙寺毗鄰，兩座古剎齊名享譽，成為關仔嶺的佛門圣地。關仔嶺景色秀麗，有環山公路可抵火山碧云寺，其沿途峰回路轉，珍草異木參差其間，有所謂“山重水復疑無路，柳暗花明又一村”之感。經過一段大回轉后，遠遠便可看見著名寶剎碧云寺。
碧云寺早先開山祖師是釋應樣，他于清乾隆五十七年(公元1792年)親自到福建泉州晉江縣，恭請觀音菩薩圣像一尊，渡海到臺灣，先置奉于阿公店(即岡山鎮)，后迎供于火山大仙寺。嘉慶元年(公元1796年)，他在大他寺修行3載期滿。乃云游探勝，攀山涉水，以尋覓其晚年隱修之所，最后在關仔嶺火山的半山腰發現了此佳境，便披荊斬棘，結茅構宇，并將原供于大仙寺的觀音圣像迎移此間。釋應祥祖師自結茅之始，即賴其雙手，不斷墾田地，播五谷，開拓寺院所需財源，如此積年累月，總算漸具規模，而且信眾日多，香火也漸鼎盛。后有信徒于嘉慶十一年(公元1806年)、1931年至1973年間不斷捐款整修，陸續又擴建了地藏王殿，創辦了曉光佛學院。
現今碧云寺依山面野，極目遠眺，群峰起伏，一片蒼翠，廣闊的嘉南平原盡收眼底。若遇晴朗碧天，則可見海上船舶往來，水天一色。寺院山門古拙，上聯“碧寺梵宮是處好譚方外趣”，下聯“云開雨化此間且結靜中緣”；頗吸引人。山門前一對凸眼、暴牙、搖尾的銅獅，造形玲瓏別致，古拙中帶有異趣，異趣中又帶有莊嚴，是難得一見的范例。山門旁有兩塊墓碑，一塊為第一代釋應樣祖師墓碑，另一塊為第五代芳公債興師墓碑。進人山門，庭院典雅脫俗，紅瓦木梁的三寶殿、地藏王寶殿等殿宇益顯佛門古剎的肅穆靜雅。三寶殿構造嚴謹，為五階進式的宮殿模式，古樸的廟觀仍不失莊嚴的一面。殿內所供奉的三寶慈尊，在殿內的大理石壁上，也飾有歷史故事的梵圖。地藏王寶殿內的佛龕 、雕刻精美的佛桌，件件都是上乘之作。寺院右角長滿青苔的巖石，是聞名全臺灣的“出米洞”，現已封口，在其右下角處，置有3座古老的石碑。除此，這里尚有天然佳景龍喉風煙、石室仙蹤、蝙蝠洞天、靈風動石、云海奇觀等特別吸引人。“龍喉風煙”在碧云寺庭院前，是一塊 嶙峋巨石下端的洞穴，每天穴內噴吐白色煙霧，尤其風雨寒天，云煙迷漫，宛若飄渺的仙境。“石室仙蹤”在碧云寺東南方，又稱仙洞，洞內在嚴冬時溫暖如春，而盛夏時卻又涼風習習，洞旁則樹木茂密，濃陰遮天。
傳說，過去曾有僧人在此洞中趺坐，參禪通化成仙。“蝙蝠洞天”是碧云寺后山的一個巖洞，深邃而陰涼，有數千只蝙蝠棲息其間，步入洞內，可見群蝠盤旋飛舞，蔚為奇景。“靈風動石”位于碧云寺后，此獨自聳立，觀之搖搖欲墜，但數百年來，仍屹立山巔；在此處，也可佇立眺望四周群山景色。“云海奇觀”在碧云寺前，每當旭日東升，云裊繞，正如連雅堂題詩曰：“大山奇絕窮天下，獨立峰頭眼界開，萬頃平原茫似海，一輪曉日大于盤。”
