2008年，國家基金委與李國鼎基金會達成務(wù)實推進、聯(lián)合資助海峽兩岸科學家開展科學研究的共識。此舉旨在共同支持兩岸科學家開展實質(zhì)性合作與交流。

聯(lián)合資助的運行模式是：雙方資助機構(gòu)根據(jù)共同關(guān)注的重要科學領(lǐng)域，組織兩岸專家學者召開學術(shù)研討會，確定聯(lián)合資助領(lǐng)域；雙方資助機構(gòu)同時發(fā)布聯(lián)合資助項目指南，同時受理，各自評審，根據(jù)評審結(jié)果，雙方協(xié)商確認受資助項目。自2008年以來，雙方已經(jīng)在地震、臺風、生物多樣性、光電材料、熱帶病醫(yī)學、光電醫(yī)學、水產(chǎn)生物資源、應(yīng)對老齡社會的管理研究和天文科學等9個研究領(lǐng)域開展了聯(lián)合資助工作。

2017年3月雙方將發(fā)布年度聯(lián)合項目指南，4月受理申請截止（具體日期以基金委網(wǎng)站公布的項目指南為準）。大陸方資助將給予每個獲資助項目不超過170萬元人民幣的直接費用，總預(yù)算金額約為1000萬元人民幣。臺灣學者需與大陸學者聯(lián)合申請，分別向各自資助機構(gòu)提交申請書和相關(guān)材料。2017年度雙方合作領(lǐng)域及具體研究方向以基金委網(wǎng)站公布的項目指南為準。

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