這次在海口召開的海峽兩岸南海問題學術研討會，主題是“南海仲裁案裁決：兩岸關系的挑戰與合作”。談到臺灣在南海爭端中應扮演的角色，吳士存告訴《環球時報》記者：“我多次跟臺灣學者講，馬英九執政期間，臺灣在南海問題上是個‘乖孩子’。其實沒有必要太乖!想在南海問題上讓別人帶你玩，就要有所作為。過去臺灣南海政策一度后退，1999年之前，臺“行政院”下邊設有南海事務的協調工作機構，海軍也有定期巡弋制度，但2013年菲公務船只在南海打死臺灣漁民，臺灣驅逐艦只開到巴士海峽象征性地示威一下，而沒有繼續南行。”

　　吳士存說，大陸希望兩岸能用同一個聲音說話，能共同維護南海“祖產”。但是蔡英文上臺以來，臺灣南海政策試圖逐步與大陸相“切割”。這樣到最后臺灣就會在南海問題上自我孤立，甚至會被徹底邊緣化。吳士存7月在臺北參加關于仲裁的一個研討會時，一位民進黨智庫的學者很坦白地告訴他，民進黨里面沒有真正懂南海問題的專家，所以他們也擔心會造成誤判，從而影響蔡英文的決策。