兩岸金融合作協議，包括金融合作、交換資訊、保密義務、互設機構、檢查方式、業務交流、聯系主體、爭議解決等12大項內容。
分析人士指出，這份協議不僅僅是在空前嚴重的國際金融危機特殊背景下簽署的，更是兩岸關系持續緩和、并向著和平發展的歷史方向挺進過程中的一個必然成果。
中國社會科學院臺灣研究所研究員王建民說：“金融合作協議的簽署，清除了制約兩岸經貿合作發展的一個主要障礙，將使大陸和臺灣的經貿關系進入一個新的歷史階段�！�
王建民表示，他樂見兩岸有關機構繼續盡快協商簽署包括市場準入、跨境監管、貨幣管理、資訊交換等一系列項目在內的具體合作協議。
但他同時指出，臺灣島內能否減少傳統的政治思維干擾也是重要的影響因素，某些勢力不應將有利于兩岸人民福祉的經貿問題泛政治化，要減少不必要的阻撓和限制。
自從上世紀80年代兩岸正式開展經貿合作以來，臺灣在大陸的直接投資累計約480億美元，雙方的年貿易額已近1300億美元，互為第七大貿易伙伴和第一大貿易伙伴。然而，雙方一直沒有開展規�；闹苯咏鹑诤献�，有關貨幣兌換、貨幣清算、資金支付和貿易結算等業務往往通過第三方輾轉進行。
中國人民大學金融與證券研究所副所長趙錫軍說，兩個主要的貿易伙伴間不能直接開展金融服務是非常罕見的現象，這不僅使相關投資和貿易活動承擔高昂的成本、巨大的風險，而且還使有關業務的開展效率大大降低。
“兩岸金融合作存在的巨大空白，已成為制約兩岸經貿關系進一步發展的一大瓶頸�！彼f。例如，由于兩岸缺乏人民幣清算機制，臺灣的人民幣業務規模很小。據專業金融機構估算，每家提供人民幣雙向買賣業務的臺灣銀行庫存人民幣現鈔僅在200萬元至2000萬元之間，而且主要是從世界各地、特別是香港市場收集到的舊鈔。目前，臺灣銀行的人民幣處理成本要遠遠高于美元現鈔。
臺灣金融研訓院院長許振明指出，兩岸金融合作明顯滯后大大影響了兩岸投資和貿易活動的深度和效率，由此造成的經濟損失是非常巨大的。
由于兩岸金融機構長期以來不能互設分支機構開展相關金融服務，加之臺灣方面的投資額度限制，在大陸的臺資企業無法從母公司或臺資銀行獲取足夠資金。同時，由于兩岸缺乏資訊交換機制，大陸銀行缺少必要的客戶信息和信用數據，亦很難對臺資企業提供及時而充分的融資支持。
目前，在大陸的臺資企業中90％以上屬于外向型的中小企業，它們的融資非常困難，加之國際金融危機的巨大沖擊，許多臺資企業的資金鏈高度緊張，一些企業甚至因資金鏈斷裂、無法維系周轉而倒閉破產。
趙錫軍說：“兩岸歷史性地決定開展金融合作，將使雙方獲得互補效應和互利雙贏結果。”
盡管國際金融危機的影響仍在世界范圍內持續，但是大陸的金融機構相對于西方的同行，卻整體上保持著穩健的經營態勢，利潤大幅增長，在國際上的地位和競爭力大幅提升。
大陸金融機構進入臺灣島內開展業務，將會提供安全、有效和廉價的服務；而臺灣金融機構進入大陸開展業務，將不再拘泥于狹小的島內市場，從而獲得一個持續快速成長的巨大市場空間，以擴大自己的經營規模，增強自己的抗風險能力，同時，也會給大陸的業者示范優良的經營模式和管理技術。
“臺灣金融機構已經錯失了數年的進入大陸市場的機遇，現在機會終于來了，希望不要再次錯過，”趙錫軍說，“西方金融機構在大陸已有的成功案例是臺灣金融機構的有益示范。”
僅以匯豐銀行（中國）有限公司為例，在國際金融危機開始肆虐的2008年，其在大陸市場獲得了巨大贏利，除稅前利潤增長85．2％，達21．91億元人民幣，營業收入增長44．5％，達53．52億元人民幣。
香港金融業從內地市場獲得的成功經驗，也為臺灣金融業者提供了獲利前景及評級提升的重要指引。據臺灣工銀證券投顧分析，內地對香港銀行資格限制放寬后，香港主要銀行股的獲利及評價均大幅提升。2002至2007年間，平均ROE由11．23％ 上升至16．26％，P／B則由1．16倍上升至2．42倍。
另外，作為臺灣壽險業首家進入大陸市場的公司，國泰自2005年正式在大陸開辦業務以來，其贏利暴增也是個很好的范例。
而大陸保險業如何能夠進入臺灣，亦可讓因受金融危機沖擊而資本充足率嚴重不足的臺灣保險公司獲得增資，使其經營狀況得到改善，避免保險公司倒閉而影響島內金融市場的整體穩定。
受訪的分析人士亦表示看好兩岸資本市場密切合作的前景。趙錫軍說，資本市場的融合是一個全球性的潮流。資本市場的合作將給去年下半年以來暴跌超過50％的臺灣股市帶來新鮮血液和旺盛人氣。目前內地上市公司已占港股總市值的50％以上。
臺灣證券交易所董事長薛琦日前透露，兩岸簽署有關金融合作協議后，臺北證交所、上海證交所及香港交易所將合編三地的ETF（交易型開放式指數基金）指數，并相互掛牌，不僅可為兩岸投資者提供新的投資產品，也有利于兩岸企業分享資本市場利益。
薛琦表示，三個交易所最后可以共建一個交易平臺，并各拿出30家至50家上市公司在平臺上開放買賣，如果擴大到100檔，200檔，也就真正做到了兩岸資本市場的融合�！拔磥韮砂兜淖C券市場合作速度會很快。”
受訪的分析人士表示，臺灣一些人有關兩岸金融合作會導致其金融機構被大陸吞掉的擔憂是不切實際的。
國家發改委對外經濟研究所所長張燕生說，雖然兩岸金融合作是互利雙贏的，但是，大陸向臺灣金融機構提供的市場機會，要遠遠大于臺灣向大陸金融機構提供的市場機會，大陸金融機構的主體業務也不會移至臺灣。
中國銀行發言人王兆文表示，中行希望成為首批在臺灣設立分支機構的大陸銀行，以服務廣大臺商和臺灣民眾。中行正在為此積極做好內部準備工作。同時，中行也歡迎臺灣銀行同業到大陸與中行開展相關業務。
