兩岸關系和南海問題是兩個非常復雜和敏感的戰略性問題。就本質而言，兩岸關系是在中國主權框架內處理的內部事務問題，南海問題則涉及中國主權與他國主權之間的多邊爭端，二者的性質不同，層次不同，有必要區別處理。所以長期以來，中國政府在面對南海問題與兩岸關系問題，都是分開處理，以分解壓力、避免不良的情形更加惡化。但近幾年來，南海問題趨向緊張，而兩岸關系趨向緩和，兩岸在南海問題上的合作出現新的歷史機遇。于是不少學者提出，兩岸可以在南海問題上進行合作，共同維護南海經濟權益和主權權利。

　　兩岸在南海問題上的合作可以有很多方面內容，從共同開發南海資源到共同保護南海資源，從保護兩岸漁民安全到維護南海主權，合作的范疇相當廣泛。但是兩岸南海合作會牽涉到各種力量和因素，這讓兩岸南海合作變得非常復雜。它至少涉及三種不同性質的合作：一是兩岸在無爭議水域的經濟合作，這純粹是兩岸之間的事務；二是兩岸在爭議地區的經濟合作，由于涉及到其他國家，這在性質上就變成了臺灣參與國際經濟合作的問題；三是兩岸共同維護南海主權，這在性質上就成為臺灣參加國際多邊互動的問題，其中不可避免地要涉及臺灣的政治定位。

　　為了務實處理兩岸南海議題的合作，我們需要對這三種不同性質的合作作出適度的區分，然后再來探索三種性質下的合作內容和合作路徑，如此才能興利避害。

　　一、無爭議海域的兩岸經濟合作

　　雖然越南、菲律賓、馬來西亞、文萊等國家針對南海的一些島礁提出主權聲索，但是在南海還有一些無爭議水域，它們不能被劃入某一“專屬經濟區”。另外，西沙和東沙，甚至中沙一些被大陸和臺灣實際控制的水域，也可以被視為無爭議水域。兩岸在南海的這些無爭議地區的經濟合作，因為沒有第三方參與，也不針對第三方，所以這些合作實際上是兩岸經濟合作的外延。海峽兩岸可分步驟、分層次與分部門展開合作。

　　1、部門合作。兩岸的農漁業、海洋、能源、旅游等職能部門可分別展開本部門的南海合作，為兩岸南海合作提供實踐經驗。其中關于漁業資源合作和油氣共同開發這兩項，是具有深遠意義的切入點。

　　兩岸在南海油氣開發方面有著良好的合作基礎，目前大陸中海油與臺灣“中油”公司在南海進行石油天然氣的勘探合作。特別值得注意的是，兩岸企業的聯合開采有意識地避開南海爭議海域。據臺灣媒體報道，臺灣“中油”公司曾設想過開發南海爭議海域，并以臺方控制的太平島作為兩岸合作開采南海石油的運補基地，但最后考慮到這一區域的政治敏感度太強而作罷。目前，兩岸石油企業主要是爭取在南海北部聯合開發區域獲得突破，同時擴大合作的深度和廣度。未來，兩岸石油企業可以加強技術層面合作，相互共同派專員加強技術培訓，共享最新科技成果、建立油氣資源信息共享機制。兩岸還可以成立“兩岸南海資源合作管理委員會”，就兩岸南海資源調查研究的成果進行交流，實現優勢互補。

　　兩岸漁民合作已具有良好基礎，兩岸可以將雙方合作經驗拓展到南海的一些無爭議水域。雙方可以商定南海漁業作業期間、船只數量、船型結構、漁獲總數及作業區域等，形成共同遵守的生產作業規范。兩岸也可以在雙方所控制的一些島嶼，如大陸所進駐的南沙美濟礁以及臺灣所控制的太平島建漁業基地，為遠航南沙捕魚作業的兩岸漁民提供方便。此外，兩岸還可考慮在太平島、西沙群島、東沙島設立漁民救助機制，利用這些島嶼在地理上分布較為均勻的優勢，為兩岸漁民提供及時、方便的救助。

　　2、將兩岸在南海無爭議水域的合作納入“兩會”機制。由于兩岸在南海無爭議水域的合作是兩岸經濟合作的延伸，具有事務性、功能性的特點，所以未來若確定兩岸有關南海重大合作事宜，可考慮納入到海協會和海基會的磋商日程，進而提升兩岸合作的層次和效果。還可以推動海協會與海基會共同成立兩岸南海事務工作小組，作為一個長期性的南海合作機制。

　　3、商簽“兩岸海洋事務合作框架協議”。在兩會協商的基礎上，兩岸可以選擇適當時機簽署一個類似ECFA的“兩岸海洋事務合作框架協議”（MCFA），促使兩岸就海洋事務開展全面性的互助與合作。包括海洋資源開發、保護和研究，水下礦產、石油天然氣的探勘的合作，還有南海地區的水文資料的共同研究、氣象研究，兩岸共同進行海事救援等等。兩岸可以就此先談成架構，再陸續處理航運、資源保護、設立國家公園、聯合救援等具體方面的協議。